Embryo yani döllenmiş ve bölünmüs yumurtaların bir kısmının veya tamamının dondurulması bazı durumlarda gerekli olabilmektedir. Bu durumlar tıbbi gereklilikler nedeniyle olabildiği gibi özel nedenlerle de olabilir.
Tıbbi gereklilik olarak en sık karşılaşılan neden yumurtaların aşırı uyarıldığı (ovarian hiperstimülasyon sendromu = OHSS) ve dolayisiyla transfer edilmelerinin hasta sağlığı açısından sakınca yaratacağı bir durumudur. Burada embryoların tamamı dondurulup saklanmaktadır. Bazen de iyi kalitede ve fazla sayıda embryonun mevcut olduğu durumlarda hastaya bir veya iki embryo transfer edilip geri kalanlar ise dondurulurlar.
Bu işlemde embryolar cryoprotectan denilen kimyasallar kullanılarak vitrifikasyon denilen yöntemle dondurulurlar. Dondurma işlemi sonrası -196 C'de sıvı azot tanklarında depolanıp saklanırlar. Teknik olarak 4 hücreli, 8 hücreli veya Blastokist aşamasındaki embryoları dondurmak mümkündür. Teorik olarak 10 yıl kadar saklanabilen embryoların, ülkemizdeki hukuki olarak saklanma süresi 5 yıldır. Yasal olarak çiftlerin her yıl ilgili tüp bebek merkezine dondurulan embryolarının saklanmasına devam edilmesi için başvurmaları ve imza vermeleri gerekmektedir.